Не единожды это старинное даниловское село вписало себя в историю не только ярославского края, но и общероссийскую.
С XVII века село принадлежало ярославскому роду дворян Шубиных. Известна трагическая история, связанная с одним из владельцев усадьбы в Вахтино – Алексеем Яковлевичем Шубиным. Узнав о заговоре гвардейского офицера Алексея Шубина с цесаревной Елизаветой, дочерью Петра I, царствующая императрица Анна Иоанновна повелела сослала его на Камчатку. Однако, взойдя на престол в 1741 году, Елизавета Петровна повелела разыскать Шубина и вернуть его в Санкт-Петербург. Едва отыскав ссыльного в сибирских острогах, посланцы Елизаветы доставили его в столицу. Осыпанный чинами и милостями, Шубин уехал из Петербурга и поселился в своем поместье в селе Вахтино.
Двоюродным братом фаворита Елизаветы Петровны - полковником Иваном Алексеевичем Шубиным - в 1768 году в усадьбе была построена сохранившаяся до наших дней церковь Успения Пресвятой Богородицы, давшая селу второе название – Успенское, и ставшая главной доминантой существовавшего усадебного комплекса. Помимо престола Успения Пресвятой Богородицы в храме находились также престолы во имя Св. Николая Чудотворца и во имя Толгской Божьей Матери. Успенская церковь отличается стройными, удлиненными пропорциями восьмерика и его сомкнутого свода. Ее наружный декор, не лишенный изящества, носит плоскостной характер. Южный и северный фасады четверика украшены треугольным фронтоном. Храм имеет три входа: северный, южный и западный. Сложные, барочные по рисунку обрамления порталов увенчаны двумя косыми полочками с широкой выемкой между ними. Наличники окон имеют сходные очертания, однако вместо полочек в их завершении использованы треугольные и лучковые фронтончики. Углы четверика и трапезной обработаны рустованными пилястрами. Храм является недействующим с 1937 года. В 40-х годах ХХ века в нем размещалась мельница, а с 70-х годов – склад зерна и зернодробилка. Каменная церковная ограда и часовня, построенные Шубиным одновременно с церковью, утрачены.
До настоящего времени рядом с церковью сохранились заросший пруд и поредевший усадебный парк.
В селе до начала ХХ века существовала церковно-приходская богадельня и Шубино-Вахтинская сельскохозяйственная школа. Шубино-Вахтинская сельскохозяйственная школа была уникальным явлением не только для Даниловского уезда, но и для всей России. Именно благодаря ей село Вахтино стало известно во всей Российской империи. Начало создания школы было положено еще в конце XIX века, когда один из представителей рода Шубиных - земский гласный Александр Николаевич Шубин - предложил открыть в селе Вахтино двухклассное земледельческое училище, для чего выстроил дом и отвел участок в 10 десятин. Желание Шубина осуществилось лишь после его смерти, когда имением в Вахтино владел уже его племянник князь Владимир Владимирович Оболенский. Шубино-Вахтинская земледельческая низшая школа второго разряда была открыта 20 октября 1888 года. Задачей школы было распространение в народе практическим путем основных понятий по сельскому хозяйству вообще и, в частности, по молочному хозяйству и уходу за молочным скотом, свиньями, птицей, по пчеловодству, а также по ремёслам (столярному и кузнечному) и применении их в сельском хозяйстве. Здесь учились дети потомственных дворян, военных, духовенства, мещан и крестьян, в возрасте от 12 до 20 лет. Для поступления в приготовительный класс требовалось умение читать и писать, в 1 класс - знание программы сельского начального училища.
Управляющим школой был назначен Иван Николаевич Ельчанинов. Именно благодаря ему при школе в 1903 году была оборудована змейковая станция для метеорологических наблюдений в верхних слоях атмосферы. Такие станции на тот момент имелись лишь в Санкт-Петербурге, Павловске, Москве и Ковно. За труды по исследованию климата России Конференцией императорских академических наук в 1902 году Ельчанинов был утвержден членом-корреспондентом главной физической обсерватории. Классные занятия чередовались с практическими ежедневно. Практические занятия проводились в хозяйстве имения. Ученики обрабатывали (пахали и боронили) почву, удобряли её навозом и минеральными туками, сеяли растения, пропалывали их, убирали, молотили, веяли и сортировали зерно. Проводились экскурсии по угодьям имения, во время которых обращалось внимание на различие во всходах и росте хлебов в зависимости от степени удобрения почвы, времени посева, положения поля, а также на болезни и повреждения растений насекомыми, на пригодность тех или иных растений для лугов и выгонов. Знания, получаемые в школе, были обширны. Ученики занимались счетоводством: вели учет, надзирали за работами, вели делопроизводство школы. Обучаясь садоводству и огородничеству, перекапывали землю, устраивали и удобряли гряды. Из лесных и садовых ягод делали вино.
В области скотоводства ученики учились доению и уходу за коровами, телятами, свиньями, лошадьми, домашней птицей, выводили птицу в инкубаторе. Так работала школа до 1900 года, когда вопрос о её существовании был поднят вновь. Здание школы требовало ремонта. Кроме того, возникло недопонимание с князем В. В. Оболенским, который хотел, чтобы земство отказалось от 10 десятин земли, пожертвованных Шубиным, поскольку его дар не был оформлен нотариально. Контракт Оболенского с Министерством земледелия закончился в 1900 году, и село Вахтино перешло к камергеру Высочайшего двора П. Н. Семенову, который отказался заключить прежний договор по содержанию школы. Но И. Н. Ельчанинов не хотел мириться с ликвидацией школы. Он предложил принять от него в казну 100 десятин из его имения в селе Половинкино Угличского уезда. Туда и была переведена Шубино-Вахтинская школа, а Даниловский уезд лишился уникального учебного заведения.
До настоящего времени от здания школы и богадельни в селе сохранились лишь фундаменты.
Еще одной яркой фигурой в истории села Вахтино является сестра вдохновителя идеи создания школы в селе А.Н. Шубина – Александра Николаевна Шубина (1816-1897). Родившаяся в Вахтино, Александра Николаевна является основательницей Воскресенско-Федоровского женского монастыря в селе Сергеево Ивановской области. Монастырь основан ей в 1881 г. на месте усадьбы, которую она купила у своего дяди – помещика Н.М.Маркова. Александра Николаевна Шубина имела обширные связи в Петербурге с царским двором и высшим духовенством. Благословение на открытие монастыря она получила у святого праведного Иоанна Кронштадтского. Перед революцией Воскресенско-Федоровский женский монастырь являлся одной из крупнейших женских обителей в России. Действующим этот монастырь остается и в настоящее время.